Um ein auf der Steuerung lauffähiges Applikationsprogramm, zu erstellen, füllen Sie POUs mit Deklarationen und Implementierungscode (Quellcode), stellen die Verknüpfung der E/As der Steuerung mit Applikationsvariablen her und konfigurieren eine Taskzuordnung. Nach Prüfung und Fehlerbeseitigung erstellt der CODESYS-Compiler dann den Applikationscode, der auf die Steuerung geladen werden kann.

Die Programmierung der Applikationsbausteine (POUs) wird unterstützt durch die Programmierspracheneditoren und einigen weiteren Funktionalitäten wie beispielsweise Textlisten, Bildersammlungen, Alarmkonfiguration, Pragmas, Refactoring und Verwendung von fertigen Bausteinen aus CODESYS Development System oder Bibliotheken.

Es gibt Mittel zur Syntaxprüfung und Codeanalyse, zum Herstellen von Datenpersistenz und zur Verschlüsselung des Applikationscodes, der auf die Steuerung geladen wird.